Deus Ex: Invisible War ha sido objeto de críticas mixtas desde su lanzamiento, con muchos señalando que no logra equipararse a su predecesor. A pesar de las buenas ideas que presenta, el juego es considerado menos ambicioso y expansivo en comparación con el original. En un reciente artículo de Edge, los desarrolladores comparten los desafíos que enfrentaron durante su creación.
En 2001, una decisión de la dirección de Ion Storm Austin determinó que los dos juegos en desarrollo, Invisible War y Thief: Deadly Shadows, debían utilizar el mismo motor gráfico. Sin embargo, esto se volvió problemático ya que no contaban con la tecnología adecuada. La modificación del Unreal Engine 2 se centró en Thief, lo que afectó negativamente a Invisible War. Ricardo Bare, diseñador principal del juego, criticó esta decisión, calificándola de “muy mala” y afirmando que perjudicó el desarrollo del título.
La falta de un motor optimizado para las grandes y complejas áreas de Invisible War resultó en un rendimiento deficiente, obligando a los desarrolladores a eliminar elementos para mejorar la tasa de cuadros por segundo. Bare expresó que el objetivo del juego era ser denso en objetos, pero las limitaciones del motor llevaron a un exceso de pantallas de carga.