Mewgenics presenta un desafío constante para los jugadores, donde los gatos pueden nacer con mutaciones genéticas, sufrir lesiones permanentes por peleas internas o incluso perderse en combate. La habilidad para elegir las clases de los gatos, representadas por diferentes collares, es crucial en este juego. Cada uno de los 13 tipos de clases ofrece características únicas, y los jugadores solo pueden seleccionar hasta cuatro en cada partida, lo que hace que la composición del equipo sea una decisión estratégica importante.
Las clases disponibles incluyen el Fighter, el Hunter, y el Mage, que se pueden acceder desde el inicio del juego. Otras clases, como el Cleric y el Thief, requieren completar misiones específicas y hablar con el personaje Butch. Por ejemplo, los Clerics son esenciales porque pueden curar y eliminar efectos negativos, lo que resulta vital en las fases más difíciles del juego.
El sistema de clases permite que cada elección sea impactante, ya que las combinaciones adecuadas pueden hacer que cualquier clase sea extremadamente poderosa. La posibilidad de mejorar y personalizar cada clase con objetos y habilidades durante las partidas añade una capa adicional de estrategia.