En Monster Hunter Stories 3, los jugadores pueden domesticar criaturas raras que han sido difíciles de encontrar en la serie principal. Algunas de estas especies en peligro se localizan en áreas específicas y son parte de misiones que indican su ubicación. Los jugadores deben derrotar monstruos invasores que protegen los huevos de estas criaturas para obtener algunos de los mejores monsties del juego.
Una de las especies es Rathian, que se encuentra en una cueva en el extremo oriental de Azuria, custodiada por un Yian Garuga invasor. Para reclamar el huevo, los jugadores deben romper las piernas de la bestia. Otra especie, Lagiacrus, se halla en un escondite en Mirror Lake, donde un Plesioth invasor protege su huevo. Usar un martillo para romper su cabeza es clave para conseguirlo.
Además, Astalos, el último de los monstruos en peligro en Azuria, se encuentra en la esquina noroeste de Mirror Lake, custodiado por un Seregios invasor. Los jugadores deben usar habilidades de área para derrotarlo y obtener el huevo. También hay un huevo de Canyne en la historia principal, localizado en la parte sur de Cantalta Timberland, protegido por un Arzuros invasor.