En el Marathon Cryo Archive, los jugadores deben gestionar el nivel de autorización de seguridad para acceder a diversas áreas y extraer botín. Esta mecánica es fundamental para navegar en un entorno complejo donde se requiere un entendimiento claro de cómo funciona este sistema.
Para aumentar el nivel de autorización, los jugadores pueden eliminar a los UESC y recoger sus etiquetas rojas, que suman un punto cada una, además de saquear a otros jugadores. También se pueden hackear terminales de autorización, que otorgan tres puntos al activarse. Es recomendable limpiar la zona inicial para alcanzar al menos el nivel de autorización 2, lo que permite seguir avanzando o atacar a otros equipos para robar sus tarjetas de seguridad.
A medida que se incrementa el nivel de autorización, se desbloquean más partes del mapa, siendo necesario alcanzar el nivel 3 para activar una estación de exfiltración. Para acceder a los seis cofres que contienen los mejores botines, es imprescindible llegar a los niveles 3 y 4.