En Marathon, los jugadores deben ser selectivos al elegir sus armas, ya que no podrán recoger todas las que encuentren. Actualmente, el juego ofrece una amplia variedad de 28 armas, que incluyen desde pistolas hasta rifles de riel. Para obtener el mejor equipo, se recomienda completar eventos en el mapa, como Lockdown o Priority Targets, que pueden ofrecer armas de alta calidad junto con otros recursos valiosos.
El meta actual sugiere el uso de una escopeta para combates cercanos y un francotirador para atacar a enemigos a distancia. Aunque existen múltiples opciones efectivas, mantener un equipo fuerte puede ser costoso y complicado, lo que obliga a los jugadores a recurrir a otras armas en etapas iniciales. Entre las mejores opciones se encuentran la WSTR Combat Shotgun, el Repeater HPR, y el Bully, cada una con características únicas que se adaptan a diferentes estilos de juego.
Por ejemplo, la WSTR Combat Shotgun es altamente efectiva en distancias cortas, mientras que el Repeater HPR se destaca por su potencia de fuego, capaz de eliminar enemigos desprotegidos de un solo disparo. Los jugadores deben explorar y experimentar con las armas para encontrar la combinación que mejor se ajuste a su estrategia en el campo de batalla.