En Pragmata, el sistema de armas presenta características inusuales. Cada arma, además de la pistola Grip básica, es temporal y desaparece al agotar las balas, lo que obliga a los jugadores a buscar nuevas armas en el campo de batalla. Este enfoque desafía a los usuarios a ser ingeniosos y a priorizar las mejores armas para su carga inicial.
Las armas se dividen en cuatro categorías: primaria, ataque, táctica y defensiva. La unidad primaria regenera munición, mientras que las demás se desvanecen al quedarse sin balas. Inicialmente, los jugadores solo pueden llevar un arma de cada tipo, pero posteriormente se desbloquea una mejora que permite llevar dos armas de ataque y tácticas.
Entre las recomendaciones para la carga inicial se encuentran el Shockwave Gun, apreciada por su alto daño y facilidad de uso, y el Charge Piercer, que ofrece un daño masivo en un corto periodo, ideal para enfrentamientos difíciles. Además, las mejoras de armas se vuelven más costosas, requiriendo que los jugadores equilibren sus recursos entre las mejoras de armas, trajes y herramientas.