En Monster Hunter Stories 3, los jugadores pueden coleccionar una gran variedad de Monsties, pero los más raros solo se obtienen a través de mutaciones. Aunque no son imprescindibles para completar la historia, su inclusión en el equipo facilita el avance gracias a sus estadísticas mejoradas y genes optimizados. Este sistema de mutaciones forma parte de la restauración del medio ambiente del juego, permitiendo liberar monstruos para revitalizar la población local.
Para conseguir la mutación de Pink Rathian, es necesario recuperar el huevo en peligro de extinción de Rathian en su guarida en Azuria. Tras esto, se debe elevar el rango del ecosistema de Rathian a B mediante la incubación y liberación de otros monstruos. La mutación aparecerá siempre que haya espacio disponible en el ecosistema.
La mutación de Dreadqueen Rathian requiere más esfuerzo, ya que se necesita tener a Rathian o Pink Rathian en un rango S y rodearlos de tres o más especies de monstruos venenosos. La mejor ubicación para lograrlo es en las Sunpetal Plains de Azuria, donde Gypceros es nativo. Si se ha estado restaurando la población de Rathian en esta área, es posible obtener esta mutación por accidente.
Para desbloquear la mutación de Hellblade Glavenus, se debe elevar el rango del ecosistema de Glavenus a S y rodearlo de monstruos con apéndices afilados como Shogun Ceanataur y Seregios. Es necesario tener al menos cuatro de estos monstruos para activar la mutación, siendo Magnamalo un monstruo que se encuentra en etapas más avanzadas del juego.