El juego Turtle Team-Up presenta un enfoque cooperativo donde los jugadores deben trabajar juntos para superar desafíos crecientes. Cada jugador controla a los personajes de las Tortugas Ninja, compartiendo un total de vida que se rastrea con fichas en forma de concha. La dinámica del juego se intensifica cuando los jugadores enfrentan a diferentes jefes, comenzando con uno y luego aumentando la dificultad al introducir más enemigos.
Al inicio, los jugadores despliegan tierras y criaturas, utilizando cartas como la favorita broccoli-pizza forest. Sin embargo, tras unas rondas pacíficas, se introducen cartas de eventos que pueden debilitar a los jugadores o invocar a ninjas del Foot Clan. Durante la partida, el equipo no solo lucha contra enemigos, sino que también deben gestionar sus recursos para maximizar su efectividad.
Una de las cartas clave es April O'Neil, Human Element, que permite obtener tokens de Mutagen al jugar artefactos o hechizos, potenciando a las criaturas. En este sentido, otros jugadores colaboran para aumentar el poder de sus cartas, como Casey Jones, Asphalt Hooligan, aportando a un juego más dinámico y estratégico.
A pesar de algunos momentos difíciles, como un evento que causó daño a las criaturas en juego, el equipo logró recuperarse al coordinar esfuerzos y utilizar sus habilidades de manera eficaz.