La comunidad de modding ha logrado integrar la misión de Ground Zeroes en The Phantom Pain, gracias al trabajo de RLC y su publicación en Nexus Mods por CapLagRobin. Este mod permite a los jugadores acceder a la misión que originalmente fue un prólogo separado, ahora incorporada al juego de 2015.
Para que el mod funcione correctamente, es necesario instalar Snakebite Mod Manager y la última versión de Infinite Heaven, así como descargar el mapa de la instalación naval de EE. UU. Los propietarios de ambos juegos deberán completar el Episode 1 de The Phantom Pain para que la misión de Ground Zeroes se active automáticamente, actuando más como un flashback que como un prólogo.
El mod incluye soporte para fulton, aunque su implementación fue complicada debido a problemas de colisión presentes en Ground Zeroes que no se encuentran en TPP. Aunque el mod tiene una lista de errores conocidos, la mayoría son fallos menores, como problemas de shaders o audio en las escenas cinemáticas.
Este desarrollo ha generado especulaciones dentro de la comunidad de MGS sobre la posibilidad de que se pueda crear un mod para la enigmática misión 51 de MGSV: TPP, que ha sido objeto de interés pero que sigue siendo un misterio sin material suficiente para los modders.